Da un punto di vista amministrativo il Giappone è suddiviso in otto regioni geografiche: Hokkaido, Tohoku, Kanto, Chubu, Kansai-Kinki, Chugoku, Shikoku, Kyushu; il territorio è inoltre suddiviso in 47 prefetture. La città di Tokyo, nonostante sia la capitale della nazione, è impropriamente definita come una città, essa infatti è suddivisa in più città: secondo leggi statali la capitale è una prefetura metropolitana, divisa in 23 distretti o quartieri speciali in autogoverno.

Le prefetture in Giappone sono chiamate Todōfuken e si suddividono a loro volta in sotto-prefetture (shichō) e distretti (Gun). A livello municipale troviamo le cosiddette 'Città designate con Ordinanza Amministrativa' (Serei Shitei Toshi) come per esempio lo è Kyoto, e città nate secondo la Legge delle Autonomie Speciali (chūkaku-shi), come per esempio Nagasaki (tali città devono possedere non meno di 300.000 abitanti), abbiamo quindi le Città Speciali del Giappone (tokurei-shi), con un minimo di 200.000 abitanti, le città (Shi), i quartieri speciali di Tokyo (Ku), le città chō machi e i villaggi (Mura).